Naamgever en oprichter van het museum is de industrieel/verzamelaar Jan van der Togt (1905 – 1995). Hij was in zijn werkzame leven oprichter en directeur van de Tomado-fabriek (Van der To-gt Ma-ssaproducten Do-rdrecht). Het spreekwoordelijke Tomadorekje en talloos ander bekend huis-, tuin- en keukengerei van deze fabriek behoren inmiddels tot de inboedel van menig designcollectie.

Vanaf het moment dat Jan van der Togt de Tomado-fabrieken verkocht in 1971, ging hij zich intensief bezighouden met moderne kunst. Hij bezocht musea, galeries en kunstbeurzen. Hij verzamelde niet alleen sculpturen, maar ook schilderijen en hedendaagse glaskunst. De verzameling groeide, en langzamerhand rijpte de wens bij de ouder wordende Jan van der Togt om zijn collectie een goed onderkomen te geven. In 1990 werd er een stichting opgericht voor de vorming van een museum. Jan Verschoor, één van de beeldhouwers van wie hij werk verzamelde en met wie hij bevriend was geraakt, werd bestuurslid. In 1991 was het zover en opende het museum JAN zijn deuren. Het was voor Jan van der Togt logisch dat Verschoor uiteindelijk de directie zou gaan voeren over het museum.

Inmiddels is Marieke Uildriks directeur en trekt het museum bijna 30.000 bezoekers per jaar. Met een hoogstaande vaste collectie, waaronder veel glaskunst van vooraanstaande ontwerpers, maar ook werk van de beroemde beeldhouwer Zadkine en van Jan Verschoor zelf, is Museum JAN een verborgen parel in het museumlandschap.

Met grote regelmaat worden exposities in het lichte pand samengesteld van hedendaagse kunstenaars uit binnen- en buitenland. Daarnaast is altijd een deel van de vaste collectie te bewonderen en wordt er platform geboden aan kunstenaars uit Amstelveen. Dit alles dankzij de inzet van drie betaalde medewerkers en een team van zo’n 25 vrijwilligers.