Museum Schokland ligt op de Middelbuurt, één van de middeleeuwse terpen op het voormalig eiland.

Geologische, archeologische en historische voorwerpen in de vaste tentoonstelling geven een beeld van de ontstaansgeschiedenis van het Noordoostpoldergebied, het ontstaan en vergaan van het eiland, het leven van de Schokkerbevolking en de uiteindelijke drooglegging van de polder. Maquettes, historische films en foto’s brengen dit verhaal verder tot leven. Absoluut hoogtepunt is een aantal prehistorische menselijke voetafdrukken van circa 4000 jaar oud. Ze werden in 1984 nabij Schokland gevonden en behoren tot de oudsten van West-Europa. Ze zijn dé pronkstukken van de museumcollectie.

Het buitenterrein beslaat een grootte van circa een hectare. Op een aantal plaatsen liggen de restanten van de vroegere bewoning nog aan het oppervlak. Bijzonder zijn de stenen waterkelders waarin vroeger drinkwater werd opgevangen. Ook de reconstructie van een houten palenscherm is een blikvanger. Enigszins verscholen achter de museumgebouwen staat een houten ijslopersschuur, die ooit onderdak bood aan de ijsvlet van Schokland.

De museumcollectie is veelzijdig en bestaat uit gesteenten, fossielen, historische voorwerpen, kaarten, foto’s en films. De archeologische voorwerpen in het museum zijn vrijwel allemaal in (langdurig) bruikleen van het Provinciaal Depot voor Bodemvondsten Flevoland.