Het Veenkoloniaal Museum voert een gericht verzamelbeleid en legt daarbij het accent op de vervening, de landbouwindustrie en de Veenkoloniale zeevaart.[3]

In het maritieme gedeelte staat men stil bij de bloeiperiode van de Veenkoloniale Zeevaart, die rond het midden van de 19de eeuw plaatsvond. Honderden schepen kwamen toentertijd uit de Groninger Veenkoloniën, meer dan 60 procent van de Nederlandse vloot was hier geregistreerd. Regelmatig werd koers gezet richting Oostzee en Riga was een belangrijk eindbestemming. Het museum heeft daarom ook een speciale Rigazaal ingericht. Het museum bezit een grote collectie Oostzeelepel(s), Riganap(pen) en Toejas(sen).

In de collectie landbouwindustrie ligt het accent op de met de veenkoloniën verbonden industrie als (stro)karton- en aardappelmeelfabrieken. Het Avebeconcern heeft zijn hoofdvestiging in Veendam. Men staat daarbij ook stil bij de nieuwere ontwikkelingen. Strokarton wordt al sinds het midden van de jaren zeventig van de vorige eeuw niet meer geproduceerd, maar nog altijd draaien er kartonfabrieken in Oude Pekela en Nieuwe Pekela, Bad Nieuweschans, Hoogezand en Sappemeer. Fabrieken die tegenwoordig meer produceren dan alle kleine strokartonfabrieken van het begin van de 20ste eeuw bij elkaar. Het museum organiseert jaarlijks diverse tentoonstellingen. Bovendien bezit het het oudste turfschip van de provincie Groningen, de in 1894 te Veendam bij scheepswerf Ten Horn te Veendam gebouwde spitse praam Familietrouw.